在一项具有里程碑意义的研究中，科学家首次在252种不同的人类肠道细菌中发现并成功激活了100多种全新的病毒。
这项成果让人类首次拥有了一个“活体肠道病毒组模型”，而在此之前，我们对肠道病毒的认知几乎都只停留在 DNA 数据层面。如今，它可能为理解和治疗某些慢性疾病打开新的大门。
长期以来，科学界早已知道——我们的肠道中潜伏着大量感染细菌的病毒，也就是噬菌体（bacteriophage）。不过，以往的研究主要依赖宏基因组测序，这种方式只能从样本的 DNA 片段中推断病毒的存在，却无法观察它们在真实环境中的行为。换句话说，我们知道它们“可能存在”，却从未真正见过它们“活过来”。
这次，由 澳大利亚莫纳什大学 和 哈德逊医学研究所 牵头的国际团队，终于让这些沉睡的病毒“苏醒”了。
研究人员从人类肠道样本中提取出 252 株不同的细菌菌株，在严格的厌氧环境中将它们逐一培养出来。接着，他们让这些细菌暴露在各种外界刺激下——从食物成分、化学物质到氧气浓度变化——结果成功唤醒了 134 种噬菌体。这意味着这些病毒重新恢复了活性，能够在宿主细胞内复制。
更令人惊讶的是，研究模型原本预测有超过 500 种噬菌体可能被激活，但实验中真正“苏醒”的比例却只有约 18%。这说明过去依赖计算模型的病毒活性预测其实被高估了。
莫纳什大学生物科学学院的 Jeremy J. Barr 教授 表示：“我们发现人类肠道中的某些化合物，尤其是由肠道细胞自身产生的分子，能够唤醒这些原本休眠的病毒。这可能对理解炎症性肠病（IBD）等疾病的机制具有重要意义。”
研究进一步指出，某些人工甜味剂（例如甜叶菊）也能触发病毒复活。研究团队构建了一个由 78 种细菌 组成的“人工肠道微生物组”，与模拟人类肠壁的细胞共同培养，结果显示——当人类细胞存在时，约有 35% 的病毒群体变得活跃。
值得一提的是，噬菌体不会感染人类细胞，它们只针对细菌。尽管如此，它们能通过改变细菌的遗传特性和行为方式，间接影响我们的免疫系统、新陈代谢甚至心理健康。换句话说，它们或许是人类健康的“幕后推手”。
科学家还发现，当肠道细胞受损或死亡时，会释放出一些特殊化合物，这些物质在激活噬菌体方面最为有效。而导致细胞受损的因素——例如加工食品、药物、酒精、压力和睡眠不足——几乎都是现代生活的常见元素。这让研究人员开始重新思考：我们的生活方式是否正在悄悄影响肠道病毒的行为？
研究的另一亮点是利用 CRISPR 基因编辑技术 揭示了一类“永远沉睡”的病毒。团队发现，这些噬菌体的 DNA 里存在破坏性的突变，导致它们失去了“重新启动”复制机制的能力。换句话说，它们被永久困在了宿主细菌体内，成了“基因搭便车者”。
虽然这类病毒已不再活跃，但它们的基因片段依然能影响细菌的性状——有时会帮助益生菌繁荣，有时则抑制有害菌株。
这项研究历时 八年 才得以完成。研究团队表示，成功培养出这些肠道噬菌体后，科学家们终于有机会在实验室中直接研究它们的功能。
哈德逊研究所的 Sam Forster 副教授 指出：“这为未来开发针对炎症性肠病甚至癌症的微生物组疗法提供了新思路，也让我们能够设计具有特定功能的益生菌。”
Barr 教授补充道：“这项成果是在人类肠道病毒暗物质中迈出的关键一步，它不仅能推动医学研究，还可能改变我们未来的健康策略。”